Yapılan araştırmalar gluten alımının ve Hashimoto'nun ilişkili olduğunu göstermektedir. Çalışmalardan elde edilen sonuçlar glutensiz bir diyetin Hashimoto hastaları için klinik sonuçlar verebileceğini düşündürmektedir. Bu konuda daha fazla çalışmaya ihtiyaç olmakla beraber gluten ve Hashimoto arasındaki ilişki arkasında moleküler taklitçilik olmasının mümkün olduğu düşünülmektedir. Gluten ve tiroid dokusunun peptit yapısı ve fiziksel şekli (çapraz aktivasyon) otoimmün tepkiyi uyarabilecek benzerliktedir. (= inflamatuar yanıt) Örneğin, Hashimoto'lu bir kişi gluten tükettiğinde, vücut bu gluteni tiroid ile karıştırabilir ve tiroide karşı bir saldırı uyarabilir. Aynı durum çölyak hastalığı olan bir kişi için de geçerlidir: Bu kişi glutensiz bir beslenme izleyebilse de, vücut tiroid dokusunu gluten ile karıştırabilir ve tiroide bir saldırı başlatabilir. Nitekim çölyak hastalığı gibi mevcut otoimmün hastalıkları olanların Hashimoto hastalığına yakalanma olasılığı daha yüksektir. Ayrıca, uygun iyot, selenyum ve çinko alımı da sağlıklı tiroid fonksiyonu için önemlidir. * Kimi araştırma sonuçları glutensiz beslenmenin Hashimoto'lu kişilerde yararlı olabileceğini göstermiş olsa da araştırmalar hala devam etmektedir. Bu konuda hastaların bireysel olarak klinik gözlemi önemlidir, semptomlara bağlı olarak glutensiz beslenme önerilebilir.