Yapılacak cerrahi uygulamanın faydaları yanında oluşabilecek riskler de bulunmaktadır. Oluşabilecek risk ve komplikasyonların bazıları; Anestezi (narkoza bağlı)  riski: Lokal ve genel anestezi işlemleri esnasında ve sonrasında (ameliyatta hastaya verilen pozisyon nedeniyle) riskler vardır. Ayrıca, anestezinin her şeklinde ve sedasyonda da ilaçlara bağlı oluşabilecek komplikasyonlar ve zararlar bulunmaktadır. Kanama: Ameliyatı sırasında veya ameliyat sonrasında kafa içinde kanama olabilir. Kanama durumunda ek bir cerrahiye veya kan nâkiline ihtiyaç duyulabilir. Hipertansiyon, aspirin veya kanama üzerine etkisi olan bir takım ilaçların kullanımı kanama riskini arttırabilir. Bu yüzden bu ilaçların kullanımı halinde mutlaka doktorunuzu bilgilendiriniz. Beyin dokusunda yaralanma: İşlem sırasında etraf beyin dokusuna hasar verme gibi bir risk mevcuttur. Mikrocerrahi yöntemler ile bu risk son derece azdır. Ancak beyinin fonksiyonel bölgelerinde yerleşmiş tümörler için risk diğer bölgelerde yerleşen tümörlere oranla daha fazladır. Bu hasardan kaynaklanan semptomlar hasarlı bölgenin yerine göre değişiklik gösterebilir. Bu durum geçici veya kalıcı olabilir. Ameliyattan önce, tümörün yerleşim yeri göz önünde bulundurularak cerrahınız size olası fonksiyon kayıplarının neler olabileceği hakkında bilgi verecektir. Yöntemin başarısız olması ve klinik bozulma:   Çok nadir de olsa, bu tür cerrahiler sonunda, tümörün tam çıkarılamaması, klinik bozukluğunun artması veya şikâyetlerin gerilememesi söz konusu olabilir. Enfeksiyon:  Beyin tümörü ameliyatları sonrası enfeksiyon riski son derece düşüktür (%2-4 kadar). Enfeksiyon cilt kesi bölgesinde yüzeysel olabileceği gibi kafa tası kemiğinde, beyin zarlarında (menenjit) veya beyinin kendi dokusunda (ensefalit ya da beyin absesi) de olabilir. Nöbet (havale) geçirme: Mevcut lezyonun kendisi, kanaması ya da çıkarılması neticesinde beyinde anormal bir elektriksel aktivite ortaya çıkabilir ve nöbet geçirmeye neden olabilir. Herhangi bir sebep bulunmasa bile cerrahinin kendisi tek başına nöbet nedeni olabilir. Bu durum ameliyat alanı ve çevre dokularda oluşan kanama, iskemi ve/veya hasar nedeniyle de ortaya çıkabilir. İnme (felç): Nadir de olsa cerrahi girişim esnası veya sonrasında damarlardan beyine hava veya pıhtı yerleşmesi sonrasında kol ve/veya bacak güçsüzlüğü gelişebilir. Ciddi entelektüel işlev bozukluğu, yatağa bağımlılık görülebilir. Ek tedavi gerektirebilir. Beyin omurilik sıvısı (BOS) kaçağı: Beyin Omurilik sıvısının cerrahi yapılan bölgeden dışarıya kaçak yapma riski vardır. Bu durum nadir de olsa belden dışarıya yerleştirilen drenaj veya ek bir ameliyat gerektirebilir. Ameliyat sonrası ağrı: Ameliyattan sonra bir haftadan bir aya kadar uzayan kesi bölgesi ve çevresinde ağrı görülebilir. Kişilik değişikliği (Nöropsikolojik  bozukluklar):  Beyin ameliyatlarından sonra entelektüel kapasite kaybı ya da depresyon olasılığı az da olsa vardır. Taburculuk sonrası psikiyatriden destek almanız gerekebilir. Ölüm: Ameliyat sırasında veya sonrasında çok düşük olsa da ölüm riski her türlü cerrahi işlem için vardır.