Anal fissür tedavi edilmezse yıllarca nüksederek devam edebilir. Sonuç olarak anüste daralmaya kadar gidebilir. Asıl tedavisi cerrahi olan bu hastalık eğer erken dönemlerdeyse evde dahi yapılabilecek ameliyatsız yöntemlerle yüzde 80 oranlarında tedavi edilebilir. Günde 2-3 kez ılık suya oturma banyosu yapmak faydalıdır. Doktorun önerdiği kremle masaj uygulaması yapılabilir. Kabızlıktan korunmak, bol sebze ve meyve tüketmek gerekir. Ağrı gidermek için ve dışkının yumuşaması için ilaç verilebilir. Esas tedavi ameliyattır. İnternal sfinkteroktomi dediğimiz ameliyat yöntemiyle makatın iç kası kesilerek gevşetilir. Bu sayede bölgedeki basınç düşürülür. Hastaların çok büyük bir kısmı (yüzde 97’nin üstünde) işlemden sonra iyileşir. Çoğunlukla lokal anestezi altında yapılır. Bazen genel anesteziye başvurulabilir. İşlem 20-30 dakika arası sürer.