Prof. Dr. Orkan ERGÜN, tıp eğitimini Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde tamamlamasının ardından aynı üniversitenin Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalı’nda ihtisasına başlamıştır. 1998 yılında Çocuk Cerrahisi Uzmanı olmuştur. 1999-2000 yılları arasında Diyarbakır 600 yataklı Asker Hastanesi’nde askerlik görevini yerine getirmiş olan Prof. Dr. Orkan ERGÜN, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Cerrahisi Anabilim Dalı’nda, 2000 yılında Yardımcı Doçentlik, 2006 yılında ise Doçentlik kadrosuna atanmıştır.  2003-2004 yılları arasında ise University of Pittsburgh, Children’s Hospital of Pittsburgh, Department of Surgery, Division of Pediatric Surgery’de Research Fellow olarak çalışmalar yapmıştır. Akademik hayatı boyunca pek çok görev yerine getirmiş olan Prof. Dr. Orkan ERGÜN, 20 yılından beri Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Organ Nakli Merkezi’nde Karaciğer Transplantasyonu Konsey üyesi olarak ve 2009 yılından beri Karaciğer Transplantasyonu Cerrahi ekibinde aktif olarak görev yapmaktadır. Türk Tabipler Birliği, Türkiye Çocuk Cerrahisi Derneği, European Union Pediatric Surgeons Association (EUPSA) ve Ege Pediatrik Onkoloji ve Lösemi Derneği üyesi olan Dr. ERGÜN, İzmir - Bayraklı’da bulunan özel muayenehanesinde de hastalarını kabul etmektedir.