Melatonin sirkadiyen bir ritim düzenleyicidir. Sirkadiyen ritmimiz uyanma ve uyku döngülerini düzenler ve ücudumuzdaki her hücre ve organın bundan etkilendiğini söyledi. Melatonin sirkadiyen ritmi senkronize tutmak için çalışır. Son derece ışığa duyarlı olduğu için, beynimize melatonin salınımını geri çekmesi için sinyal verildiğinde melatonin sabah ışığına maruz kalmaya tepki verecektir. Sabah ışığı aynı zamanda beyne uyanıklık hormonumuz olan kortizol salgılaması için sinyal verir. Kortizol bizi uyandırır ve sabah zirvede olması gerekir. Melatonin ve kortizol zıt bir ilişki içindedir; melatonin yüksek olduğunda, kortizol düşük olmalıdır ve bunun tersi de geçerlidir. Bunlardan herhangi birinin dengesi bozulduğunda uyku kalitemiz de etkilenir.