Kateterler ile kalp içinden aritmiye yol açan bölge radyofrekans ( ısı enerjisi) ya da crıyo ( soğuk enerji ) ile ablasyon uygulanabilir. Ablasyon yok etme , ortadan kaldırma anlamına gelmektedir. Temel tanısal elektrofizyolojik çalışmada aritmi odağı saptanması halinde aynı seansta veya ikinci bir seansta ablasyon yapılabilir.

EFÇ’ de olduğu gibi işlem öncesinde ritm bozukluğu için kullanılan ilaçların 5 gün önce kesilmesi gerekmektedir. Hastalar işlem günü EFÇ öncesi 5-6 saat aç bırakılırlar ve yine kasık ve/veya boyun bölgesine uygulanan lokal anestezinin ardından kateterler floroskopi eşliğinde kalp içine ilerletilerek kalbin içinden elektrik sinyalleri kaydedilir. Aritmiden sorumlu odağı yok etmek için çoğunlukla radyofrekans enerji kullanılır. Nadiren ısıtma yerine kriyoterapi çarpıntı odağı tahrip edilebilir.

Aritmi türüne ve yerine göre ablasyon işlemi 2 saat sürebilir. İşlem sonrası yapılan tedavinin cinsine göre hastaların işlem bölgesine ağırlık uygulandıktan 4-6 saat sonra hasta ayağa kalkabilir ve ertesi gün taburcu olabilir.

Ritim bozukluğu tedavisinde ablasyon tedavisi ilaçlar yetersiz kaldığında ya da hastaların yaşam boyu ilaç almayı istememeleri halinde uygulanır. Ayrıca hayatı tehdit edebilecek bazı ciddi ritim bozukluğu olan hastalarda doğrudan ablasyon yöntemi uygulanabilir. Ablasyon tedavisi ilaç kullanmaya gerek kalmadan kalıcı tedavi sağlar. Ablasyon tedavisinin başarı olasılığı aritmi türüne göre değişmekle beraber %80- 95 arasında değişir.