Temelinde çoğu zaman ayrılık kaygısı yatmaktadır, özelikle küçük çocuklar anneden ya da bağlandığı kişiden veya evden, okul aracılığıyla uzaklaştırılmak korkusu yaşıyorsa, ayrılık kaygısından söz edilebilir. Okul fobisinin gelişmesinde 1. Çocuğun okul çağı olgunluğuna henüz gelmemiş, fiziksel ve bilişsel olarak okul çağına hazır olmaması 2. Aşırı korunmuş veya şımartılmış çocuğun ilk kez toplum kuralları ve özel olma özelliğini kaybetmesi ile savaşıyor olması 3. Çocuğun duygusal bir sorun yaşıyor olması (boşanma, anne veya babada depresyon, çocukta depresyon, yas, travma, vb.)  olabilmektedir.